大航海时代5中的海战系统还是延续了前作的经典，依然是以猜拳为中心的。
【海战系统】主要有三个属性，即近战、中距、远距，
在港口“设定航线”中以船只为目标出航，或在海上航行时遭遇船只会发生海战。
如果你的舰队足够强大，你可以选择直接【查看结果】来快速结束战斗。
或者选择【战斗开始】，进入手动操作。
海战由两部分构成。
最初是“炮击战”阶段，此阶段中玩家和敌船互相炮击。
接下来是“船只间战斗”阶段，即和敌方船只1对1战斗，每场战斗需选择战术。
战术规则如下图：近战克远程，远程克中程，中程克近战。
通过点击图标来选择你的战术。
在“各船只间战斗”阶段，玩家每条船有两个回合。
当船的“耐久”或“船员”降到0，则表明船被击沉。
敌人全部被消灭，或者玩家所有船只都完成了2个回合的战斗，则海战结束。
胜利后可获得丰厚的战利品。
提示：
1.危险度越高的海域，强力的敌方船队及航海事故就越多。
2.战胜了海域中的海盗可暂时降低危险度。
3.危险度可在航线设定界面查看。海域不同危险度也不同。
